倒したはずのイルーゴが複数体出現。防衛隊が調査を進めていると、地下からアースガロンをも凌駕する巨大な怪獣が現れる。 エミは、父の研究仲間の西崎と接触。3年前の爆発事故の詳細について真実を告げられる。単独向かった第66実験施設でエミが見たものとは…